В Ubuntu 12.04 метод установки национальных флагов индикатора раскладки клавиатуры несколько отличается от предыдущих версий. Итак:

1. Создаем папки:

mkdir ~/.icons
mkdir ~/.icons/flags

2. Копируем туда файлы с картинками для отображения в индикаторе: ru.png  и us.png. Не обязательно *.png, можно даже *.svg, а может кто-то попробует и анимированный *.gif?. Смотрим какой режим включен командой:

gsettings get org.gnome.libgnomekbd.indicator show-flags

3. если false, выполняем:

gsettings set org.gnome.libgnomekbd.indicator show-flags true

…

4. PROFIT!